Mit diesem Befehl entfernen Sie die ausgewählten Bilder aus der Datenbank, nicht von der Festplatte. Das ist (lediglich) sinnvoll, falls Sie außerhalb JPhotoTagger diese Bilder löschten oder verschoben.
Sie können das auch (bequemer) erledigen lassen über das Menü Datei > Datenbank, Kartenreiter Wartung.